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Los microorganismos beneficos utilizados como biofertilizante, la relación es mutualista y es conocida como simbiosis.
Las sustancias oxidantes, tales como el cloro o el permanganato potásico, son capaces de impedir con éxito el desarrollo de organismos patógenos, pero para ello deben ser aplicados a dosis elevadas que pueden a su vez originar daños en el sistema radicular del cultivo.
Algunos productos comerciales que contienen solamente bacterias, son comunmente llamados Biofertilizantes.
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